تأسست الجمعية بمدينة برنو في أبريل 1994 و سجلت في المجلس البلدي للمحافظة كجمعية خيرية غير حكومية بتاريخ 6 / 5 / 1994 و كان المجلس التأسيسي للجمعية مؤلف من أربعة أشخاص، و كان أول أهداف هذه الجمعية هو العمل على إنشاء مسجد و مركز إسلامي في مدينة برنو

كانت الخطوة الأولى نحو هذا الهدف هي شراء أرض في شهر مارس 1995، و بعد ذلك كانت الخطوة الثانية و هي السعي للحصول على موافقة بناء المسجد على الأرض المشتراة، كانت هذه أصعب مهمة واجهت الجمعية حيث كانت هناك معارضة قوية جدا من قبل بعض أعضاء المجلس البلدي و كذلك من سكان المنطقة التي تقع فيها هذه الأرض بالإضافة إلى بعض الجمعيات و الجماعات التي كانت تعارض و بشدة السماح للمسلمين ببناء مركزهم في برنو وفي كل هذا البلد. و بعد جهد كبير استمر سنتين حاولنا خلاله إستغلال و توظيف جميع الإمكانيات و العلاقات التي يملكها المسلمون حصلنا و بفضل الله على الموافقة النهائية في مايو 1997

تمت المباشرة ببناء المسجد في أغسطس 1997 و بأموال تم جمعها من أهل الخير من المسلمين المقيمين في جمهورية التشيك و من مسلمين و جمعيات إسلامية خارج جمهورية التشيك و من المساهمين في بناء المسجد نذكر

الحاج الشيخ عبد الله بن عبد العزيز السريع / المملكة العربية السعودية
الندوة العالمية للشباب الإسلامي - لجنة أوروبا الشرقية / المملكة العربية السعودية
جمعية زايد بن سلطان آل نهيان للأعمال الخيرية و الإنسانية / الإمارات العربية المتحدة
رابطة العالم الإسلامي / المملكة العربية السعودية
شركة الجريسي / المملكة العربية السعودية
شركة باسمح / المملكة العربية السعودية

بتاريح 2 / 7 / 1998 تم رسميا إفتتاح المسجد بحضور ممثلين عن وزير الثقافة التشيكي، محافظ المدينة، المجلس البلدي و كذلك ممثلي مختلف الكنائس المسيحية و اليهودية و بهذا أصبح مسجد مدينة برنو أول مسجد و أول مركز إسلامي في الجمهورية التشيكية

جمعية الوقف الإسلامي في برنو هي المالك الرسمي و المشرف على إدارة شؤون مسجد برنو، و للجمعية دستور و نظام داخلي ينظم عملها

تتألف الجمعية من الجمع العام و الذي يضم جميع الأعضاء المنتمين للجمعية و من مجلس الإدارة و الذي يتم إنتخابه دوريا من قبل الجمع العام